Dieses ist die wahrscheinlich nachhaltigste und wirtschaftlichste Variante, die ALLE bisherigen Wünsche erfüllen würde.

Konzept: Anbindung der Stadt mit den neuen Haltepunkten Norderhofenden/Hafen/ZOB sowie Deutsches Haus mittels Stadtbahn (Karlsruher Modell) von Leck und Süderbrarup alternierend möglich, indem die Strecke vom östlichen Gleisfeld des Hauptbahnhofs auf den Mühlendamm geführt wird. Dort wäre der Hot mit Übergang zu den übrigen Zügen möglich. Dieser Halt und die weiter Führung bis runter zum Deutschen Haus entspricht der alten Straßenbahn. Vor dem Deutschen Haus fädelt die Strecke auf die jetzige Trasse zum Hafen. (Die Helenenallee würde wahrscheinlich zur Stichstraße, da die Niveauunterschiede nur einen Durlass für Fussgänger und Radfahrer erlauben würde) Mit dieser Kurve würden zwei Vorteile erreicht: Der Hauptbahnhof könnte weiterhin als Bahnknoten genutzt werden und noch wichtiger: die baulich äusserst schwierige und damit sehr kostenintensive Sanierung und spätere Unterhaltung des Abschnitts westlich des DH bis zur Nikolai Allee (Friesischer Berg) könnte zurückgebaut werden und die angrenzenden Wohnhäuser geschützt werden. Damit die Züge aus Leck oder Schleswig ebenfalls in die Stadt geführt werden könnten würde mit der Reaktivierung FL-Weiche eine Verbindungskurve über die Flächen des ehemaligen BW FL-Weiche und die vorhandene Brücke bei Nordschrott die oben beschriebenen Stadtbahngleise ohne Kopfmachen/ Wenden erreicht. Ein neuer Haltepunkt würde als Flensburg Süd am Fördepark/ Bauhaus leicht errichtet.

Vorteile durch nur diese Linienführung:

1. Die Innenstadt wird über zwei neue Haltepunkte und mindestens zwei regionale Strecken aus dem Westen und Südosten angebunden. (Dieses würde die Reaktivierung nach Leck noch plausibler machen)

2. FL-Weiche würde reaktiviert.

3. Der Hauptbahnhof würde voll funktionsfähig erhalten

4. Neue Haltepunkte FL-Süd und FL Fachhochschule/Neues Krankenhaus

5. Baulich aufwändiger Abschnitt zwischen Nikolaiallee und Deutschem Haus kann entfallen und erheblich Unterhaltungskosten einsparen.

6. In späteren BA Verlängerung der Stadtbahnen nach FL-Kupfermühle und Fruerlund

7. optional noch HP Citti 

Alle Maßnahmen sind relativ überschaubar. Ein Rückbau und Umwidmung des HBF, wie er derzeit (Stand 03/2026) aus Kiel erwogen wird, ist nicht zielführend, in der Regel für Städte mit der Bedeutung von Flensburg destruktiv und alles andere als nachhaltig. Weiche ist nach wie vor nicht Flensburgs Innenstadt und war es in den letzten Jahrzehnten auch nie. (Deswegen ist er wieder aufgehoben worden). Die Bahn AG würde Weiche bevorzugen, weil sie dann die Aufgabe der Fernanbindungen dort schnell los wird. Deswegen wird der Halt aber für Flensburger nicht attraktiver. Fahrzeitverkürzungen sind immer wünschenswert, aber nicht immer gelingen sie durch Streckenverkürzungen. 

Ein mögliches Betriebskonzept:

RE7
HH-Padborg (wie zuvor über den FL „Hbf“ jedoch zusätzlicher Halt in Weiche und Verlängerung nach Padborg)

RE72*
Kiel> Süderbrarup>…> FL Hbf> FL Deutsches Haus> FL ZOB/Hafen (Trasse s.o. ggf. weiter nach Kupfermühle oder Fruerlund (alte Kreisbahn tlw.))

RB 67* (neu-Reaktivierung)
Niebüll>…>Leck> …>FL Weiche> FL Süd> FL Uni/ Fördeklinikum KH> FL Hbf> FL Deutsches Haus> FL ZOB/Hafen (Trasse s.o. ggf. weiter nach Kupfermühle oder Fruerlund (alte Kreisbahn tlw.))

Darüber hinaus würden diese zusätzlichen Regionalbahnen und Halte den Bedarf an überregionalen (interregionalen) Verbindungen stärken. Halte der ICs/ICEs wären anhand der ermittelten Bedarfen festzustellen. Flensburg-Weiche würden DB/DSB sicherlich aus zeitlichen Gründen präferieren; der Hbf. hat sicherlich das größere Einzugskapital. Die Diskussion ist nicht neu- aber die Bedarfe verschieben sich durch weitere Verkehre.
Eine weitere Option wäre auch ein Verschwenken einiger IC(E) aus HH nach Sylt/ von Sylt über die RB67.
Durch die neue Verbindungskurve beim ehemaligen BW FL Weiche könnten Züge über den Hbf aus dem Süden ohne Kopf machen weiter Richtung Westen fahren.

Die Stadtbahn könnte durch die Bedienung durch die RE 72 und RB67 und bsw. eine zusätzliche Stadtbahn (z.B. auch über die neuen Stationen Uni/Fördeklinikum, FL Süd (Fördepark) entweder weiter nach FL Weiche, Weiche Gartenstadt bis Schafflund oder über Citti nach Padborg) einen 20 Minuten Takt und direkte Anbindungen nach Niebüll/Sylt und Kiel bekommen. Dann würde es wirklich eine Stadtbahn und könnte erhebliche IV einfangen.