Seit Dezember 2016 fahren auf der Summerauer Bahn ungefähr zweistündlich Züge zwischen Budweis und Linz, wobei jeder zweite Zug (4 Zugpaare) ab/bis Prag fährt. Die Züge aus Prag werden als REX mit keinem Halt zwischen Pregarten und Linz Franckstr. geführt, wohingegen die Züge aus Budweis als S-Bahn überall halten. Ab Pregarten werden die S-Bahnen zum Stundentakt, in der HVZ von Montag bis Freitag sogar zum ungefähren Halbstundentakt verdichtet.

Die Strecke entspricht mit Höchstgeschwindigkeiten von weitgehend 70-90 km/h nicht den aktuellen Verkehrsbedürfnissen. Insbesondere durch den schon erfolgten / geplanten Ausbau der A 7 / S 10 / D 3 (E 55) ist ein Ausbau dringend, wenn auch aufgrund der topographischen Gegebenheiten sehr teuer. Die Entwurfsgeschwindigkeit soll bei 160 km/h liegen, sodass eine Fahrzeit unter 1 Stunde zwischen Linz und Budweis erreicht wird. Die höchste Neigung wird 25 ‰ betragen. Der Bau sollte perspektivisch 2050 fertiggestellt sein und maximal 2 Milliarden € kosten. Insbesondere im österreichischen Abschnitt gab es schon Planungen, die aber an mangelnder Finanzierbarkeit gescheitert sind. Deswegen sollen EU-Mittel genutzt werden.

Weiteres in Arbeit.