Mit einem höheren Zugangebot wird der Knoten Brackwede an seine Kapazitätsgrenzen kommen. Da dort zwei Strecken in unterschiedliche Richtungen abzweigen, müssen Gleise gequert werden, was vor allem die Gütergleise betrifft. Spätestens mit der Einrichtung einer S-Bahn und zusätzlichen Haltepunkten in Bielefeld macht es Sinn, S-Bahn-Gleise und Gütergleise im Stadtgebiet zu trennen, um Konflikte zu vermeiden. In diesem Zuge können auch Vorleistungen für einen späteren zweigleisigen Ausbau der Nebenstrecken erbracht werden, die hier auch eingezeichnet sind. Dieser Vorschlag umfasst die Erweiterung des Knotens Brackwede um zwei S-Bahn-Gleise ab dem Überwerfungsbauwerk der Sennebahn bis Brackwede Gbf, inklusive Einfädelung der Sennebahn und des Haller Willem.

• Umwidmung der beiden Gütergleise ab der Höhe Industriegebiet Siekernbrock bis Cheruskerstraße als S-Bahn-Gleise
• Erweiterung der Überwerfung der Sennebahn um ein zusätzliches Gleis (Richtungsgleis Paderborn) auf der Sennebahn und Neubau von zwei Gütergleisen unter der Überwerfung parallel der Strecke Hamm-Minden zwischen Industriegebiet Siekernbrock und Cheruskerstraße
• Bau eines Überwerfungsbauwerks für das Richtungsgleis Paderborn über die beiden S-Bahn-Gleise
• Sechsgleisiger Ausbau ab Cheruskerstraße bis Brackwede Bahnhof und höhengleiche Einfädelung des Haller Willem
• Unterquerung der S-Bahn-Gleise durch das Richtungsgleis Hamm der Güterbahn, um eine kreuzungsfreie Ein- und Ausfädelung der S-Bahn zu ermöglichen.

Somit sind ab südlich von Brackwede in Richtung Bielefeld Hbf Güterzüge, S-Bahn und Fernverkehr auf eigenen Gleisen unterwegs. In Brackwede in Blickrichtung Bielefeld Hbf ergibt sich dann folgende Gleislage: S-Bahn Süden – S-Bahn Norden – Güter Süden – Güter Norden – Fernbahn Süden – Fernbahn Norden. Alle S-Bahnen würden an den Gleisen 5 und 6 halten. Da der RRX erst wieder in Bielefeld Hbf halten würde, würde er nach dem geplanten Ausbau der Strecke Hamm-Minden auf 300kmh/, nicht über die S-Bahn-Gleise fahren, sondern über die Gütergleise an die Gleise 3 und 4 in Brackwede. Vor dem Ausbau fährt er wie bisher über die Fernbahngleise und hält in Brackwede an Gleis 1 und 2.