Nach Münster verkehren mehrere Eisenbahnstrecken, die im Hauptbahnhof sich im ITF kreuzen, sodass Münster im Eisenbahnverkehr einen großen Knotenpunkt darstellt. Für den innerstädtischen Verkehr ist die DB in Münster jedoch wenig bedeutend, da es neben dem Hautpbahnhof nur sehr wenige weitere Halte gibt, die sich mit Ausnahme von Zentrum Nord nur in den äußersten Stadtteilen befinden, obgleich viel Wohnbebauung in Münster entlang der Eisenbahnstrecken liegt.

Hier ein Vorschlag für einen neuen Südbahnhof. Dieser soll an der Kreuzung sämtlicher Strecken als Turmbahnhof am Preußenstadion entstehen und von allen Zügen bedient werden, sodass sich kürzere Umsteigezeiten gegenüber dem Hauptbahnhof ergeben. Außerdem besteht durch den P+R Preußenstadion die Möglichkeit, das Auto dort abzustellen, um mit dem Zug weiterzufahren.

Die Bahnstrecken Münster-Coesfeld, Wanne-Eickel-Münster und Lünen-Münster werden für Münster Südbahnhof (tief) umgebaut: Das mittlere Gleis und das südliche Gleis liegen nur 5,10 m auseinander und damit 4,30 m zu wenig für einen Mittelbahnsteig, der an Fernverkehrsstrecken mindestens 9,40 m breit sein muss. Deswegen wird das mittlere Gleis demontiert, um den notwenigen Platz für den Mittelbahnsteig zu schaffen. Westlich des Bahnhofs werden die Weichenanlagen optimiert, damit RE2, RE42, RB50 und RB63 Richtungsgetrennt an den Bahnsteiggleisen halten können. Östlich des Bahnhofs wird das mittlere Gleis mittels Weichen in das nördlich bzw. südliche Gleis geführt, sodass nordöstlich wieder eine Dreigleisigkeit herrscht.

Die X-förmigen Kreuze in den Quadraten kennzeichnen Aufzugsanlagen, die einen barrierfreien Zugang erlauben.